ヤップの気候は蒸し暑い熱帯気候です。年中平均気温は華氏81度 (摂氏27度)で、朝夕で華氏10度、摂氏(6度)の気温差があります。 また海水の温度は華氏82度 (摂氏28度)と快適です。
年間降水量は１２１インチ（３０９０ｍｍ）。北東の貿易風が１１月から５月にかけて吹き、この間は雨量が少なく、湿度も低くなります。
この島では台風は一般的です。太平洋の西側を襲った台風はヤップの領域の北部を通過します。 ヤップ人はこれを島の強いマジックの影響と考えています。
その他天候に関することは下のリンクをご覧ください:
現在のヤップの天候アメリカ合衆国気象サービス提供
現在の熱帯性サイクロンの様子ハワイ大学提供